化学工具锦囊

让我们学习化学结构式的标准吧!【基本篇】

本文来自Chem-Station日文版  化学構造式描画のスタンダードを学ぼう!【基本編】  webmaster

翻译投稿 桂圆 校对 HaoHu

化学结构式的第一要义是在将分子的信息传达给阅读分子信息的人(或计算机)而不会引起误解。 但是,大家也希望化学式编写的工整好看。 即使是一个苯环,只要它“化学方程式上没有错误”的话,也可以在开头尽可能的把它描述的好看。因为即使从美学方面来看,它也包含一些明显丑丑的符号吧?

通过这种方式,我们化学家可以研究出像星星数量一样多的结构式,并且讨论它是“好的”还是“不好的”。 但是,在没有任何标准的情况下随意的命名构造化学式,可能会变得奇怪。

为了让化学式构造进行的顺利,IUPAC提出了可使用的化学结构图标准指南。外面有很多小朋友都不知道呢。这次,我想简单介绍一下关于化学结构式的内容。

“Graphical representation standards for chemical structure diagrams (IUPAC Recommendations 2008)”
Brecher, J. Pure Appl. Chem. 200880, 277-410. DOI: 10.1351/pac200880020277

构造化学式的标准:三大基本原则

在绘制结构式之前,我说以下几个注意点。 看起来是理所当然正常的,但是其实有很多例子还没有硬性规定。 不仅适用于已开始学习化学的学生,还适用于不习惯编写有机化合物图的专家。

  • 1. 弄清你的读者是谁,尽可能简单地绘制出广大读者所见的图表。
  • 2. 避免使用模糊不清的绘图样式。
  • 3. 使绘图样式一致。

最重要的是,(1)结识读者。 C&EN / Nature / Science中绘制的结构公式没有必要和专业期刊相同。

另外,(2)灵活使用上下文对于避免歧义是很重要的。一个简单的图表虽然减少了信息量,但是对上下文的灵活应用,会使之更容易地识别这里代表的唯一含义。

(3)一致性就不用再特别提及了吧? 格式不一致那别提多丑了。

编写化学结构式的标准:基本篇

IUPAC指南非常宽泛,此处不能一一列举了。 另外,可能是因为是为广大读者准备的,所以会感觉有和没有的范围稍微有些宽泛了。

所以,为了让初学者不会感到迷惑,在本文中,我将具有严格标准的基本内容和作者独特的见解汇合并介绍给大家。 除非有特殊原因,不然我会选择只遵循红色的方针,使这个图变得清晰明了。 精通所有图的制作方法之后,开始制作精细的图谱也为时不晚。

1. 选择字形

印刷用的话,就用8-14pt的sans serif字体(Helvetica,Arial)吧。 不建议使用其他字体。 理由很明确,因为它最容易看到。 至于风格不一样就另说了, 幻灯片,网络海报的话,需要较大的字体。

2. 线的粗度

印刷用的话,用比0.5pt(0.18mm)更粗的线吧。比这更细的线很难被看到。而幻灯片,网络海报就需要更粗的线了。

3. 颜色

如果在白纸上画图,可以选择黑色(黑色背景就选白色)。可以为要强调的部分上色,但原则上使用红色。 与低对比度的颜色(深蓝色,棕色等)相比,强调重点容易会让这部分更加显眼一些(考虑会有到色弱的读者,避免在用红色和绿色强调组合是无可非议的)。 让我们也统一一下强调规则吧。

如果不遵守惯例的话,就会觉得很奇怪了。在分子模型中还使用了氧气=红色,氮气=蓝色,硫=黄色,氯=绿色等,因此可以遵循它们。

4. 图片的大小

显然,在纸张介质的情况下,有必要将其写成适合页面大小的图形。 对于灵活的图,应考虑良好的联合布置,以使整个图不会变得太小。 幻灯片,网页和海报需要更大的数字,因此需要做更多的工作。

为了减小尺寸并避免结构出现重叠而放不下,建议使用合适的缩写来代替

5. 图片的朝向

由于它与化学结构式的含义没什么关系,因此基本上可以用任何方式编写它,我觉得如果用30°的步长旋转它,获得常见且稳重的图形。

还有,原则是使长轴向水平方向延伸

但是,在Fischer投影类型的情况下,因为方向与3D信息相关联,所以必须要书写正确。

下次我们继续【应用篇】。

*该图是从第一篇论文引用并修改的。

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