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可信度高的合成反应数据库:Science of Synthesis(SoS)

今天在这了小编要介绍一个合成化学的data base 名为Science of Synthesis(SoS)

Thieme 提供的「Science of Synthesis」是以国际知名的有机合成参考书系列「Houben-Weyl Methods of Organic Chemistry」全面改订后的新版。 这次推出的「online版・Science of Synthesis」,收集了1800 年代出开始的有机以及有机金属化合物的合成方法,这是一个重要且可靠的合成化学领域的综合数据库,提供了已经被验证过的制备化合物的详细方法步骤。

读到这里,可能会联想到付费版的「Organic Syntheses」。而SciFinder与Reaxys这些数据库的话,会出现大量的检索结果,需要自己来甄别选出可信度,可参考性高的。

Organic Syntheses、只刊载专业合成化学家验证过的合成反应,可靠新非常高。但是,它不适合大范围网罗搜索,常常在要做不想失败的反应的时候非常有用。被视为是竞争对手的Science of Synthesis(SoS),到底是怎样一个定位?小编今天试用了下。

试用了下~

搜索界面简单,可以使用文本搜索结构式搜索两种检索方式。这次以化学生物学中常用的Click反应(Huisgen环化)为例子、试用了下。

首先是文本搜索。 如果要确认一个短语,最好用双引号(“)括起来。

搜索结果如下图所示,得到了3个相关内容。与SciFinder相比,可能第一感觉是「好少!」

点开所需的「Azide Cycloadditions」这一个结果。再次得到下图所示的画面。简洁的介绍了概要与基本的信息。其中还包括成功运行实验并尽快完成实验所需的信息。

显然,每个页面似乎都根据反应模式进行了分类/整理。

category所属

往下翻是如下图所示的底物适用性的Table。可以使用超链接浏览与每种情况相对应的引用文献(Ref),总结归纳的非常详细!

再往下查看、出现了实验步骤,记载了实验上的注意点。对于click反应的话,这里记载了叠氮化物的爆炸性这一注意项。

记下来是结构式搜索。小编画了如果所示的结构。

但是这个搜索查询没有命中任何东西。嗯? 什么鬼? 结构式检索怎么搞?(请接着往下看)。

使用后的感想

对反应的理解有一个层次感,而且反应都是被归类整理过的◎

实验部分不仅仅停留在单单的术语中,根据反应类型进行了总结以及给出了一些实验上的技巧,这一点是非常值得点赞的。不需要参考多篇文献,即可深度理解一个反应步骤,有利于不局限于表面,想要更深度了解一个反应。

搜索范围太窄了?(接上面的结构式搜索)

这一点是小编最在意的。如上述结构式检索一样,小编又尝试了其他几个结构式,可能由于灵活性不是很高,很多情况下似乎很难找到反应(比如说下图所示的)。可能小编还没有找到合适的检索技巧,但是如下图所示的,可能多画几个类似的化合物的话,搜索范围就会扩大。

跨学科领域仍然很薄弱?

从使用后的印象来看,小分子合成这块确实已经做得很充实了,但是例如这次搜索的Click反应在与生物共轭反应这种跨学科领域的反应模式来说,搜索出来的例子还很少。希望今后在跨学科领域这块也能够顺应时代,进行stage up。

在文本搜索结果中能显示结构示例就更好了

目前来说,文本搜索显示出来的也都是文本,需要点开来具体查看才能知道具体是用了什么样的底物,如果能够跟Scifinder那样直接在每条搜索结果中,一目了然的把反应的结构式例子也给出来就更好了。

网页反应比较慢

小编自认为网络速度还行,排除这个因素,跟Organic Syntheses与SciFinder比起来,SoS的网站速度比较慢,以后如果有大量用户使用的话,提高服务器的效能也是一个作为使用者的期待点。

结论

从小编尝试后的感觉,如果「想合成某个/系列化合物!」的话,那么使用SoS感觉,检索那块就很费时间(因为结构式检索不太方便)。相对的来说,我更喜欢使用SciFinder、或者免费的Organic Syntheses。

但是想要查找详细的实验步骤的时候,小编可能会考虑SoS、因为它可以被看作「系统的合成反应的教科书」。尤其是新手上路的话,很多注意点,细节都给出了,是一个十分有助于实验技能提高,学习的网站。

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