化学工具锦囊

通过图谱检索化合物「KnowItAll」

本文来自Chem-Station日文版 スペクトルから化合物を検索「KnowItAll」 作者  webmaster

翻译投稿 炸鸡 校对 Sum

研究有机化合物的人经常要通过光谱推测化合物的结构。

事实上,通过光谱信息来推测化合物并非易事。只有经过本科阶段刻苦的学习和研究生阶段在实验室的实践研究才能够看懂图谱。总之,要看懂图谱,需要花费时间积累处理有机化合物的相关经验。当然,即使给了化合物的图谱,如果是至今为止没有研究过的化合物的话,要读懂会有点困难,还需要时间查阅文献和推测构造。

无论如何,想要拿到图谱便一目了然是不太现实。

所以很遗憾,直到现在仍然很难实现自动化读取图谱。

但是我们还是可以“通过搜索图谱,从有着相似图谱的化合物那里得到信息数据库

所以这次,我们来介绍下“Know It All”数据库。

用来搜索图谱的Know It All”是什么呢

这是我们之前介绍过的提供免费在线图谱数据库“SpectraBase”的生物数据库的产品版。

生物数据库是图谱数据库的前身,提供了IR、Raman、NIR、NMR、MS、UV-Vis 等高品质的图谱数据。 我想介绍下其中IR和Raman图谱收集的大量数据(本来应该大篇幅的写NMR的,很抱歉)

主要的特征有以下4点。

1.拥有庞大的IR和Raman图谱数据库:解析图谱的时候,能减少工作人员需要从文献和网络上搜集信息的时间。

2.它有“优化”功能,在检索时可以帮助校正重要的图谱:可以向研究人员提供不受经验差异影响的搜索结果。

3.擅长检索混合物的图谱:因为能一次性解析,一眼就能确认,所以被用于找出解析的方向性。

4.检索速度很快:解析图谱的时候,一次检索可能得不到满意的结果,也时常通过改变解析模式,从信号峰,混合物等方面来进行多次检索。需要多次检索的时候如果检索速度很慢(比如一次检索需要5分钟),则每次都要等很长时间,研究人员的思路就会中断,工作效率就会变低。

那接下来我们一个个来看吧

庞大的IR和Raman图谱数据库

KnowItAll图谱库提供超过26万张IR图谱和超过2万5千张Raman图谱。随着新的图谱一天天地增加,图谱数据库也在日渐扩大,KnowItAll软件也会通过网络自动更新它的数据库。

针对一个一个的化合物,只要将化合物对应文献中的图谱收录在数据库中,就能缩短解读图谱的时间。当然KnowItAll也可以根据输入的化合物的结构,模拟出对应的图谱,然后从KnowItAll已经收录的图谱中找出和目标图谱最接近的一张图谱。

它有“最优化”功能,在检索时可以帮助校正重要的图谱

但是,从已知的图谱出发检索未知的图谱时,不仅仅要考虑化学方面的知识,还要考虑数学方面的知识。因为如果没有精确的数据就不能得到满意的检索结果。有时,图谱不同,检索方法不同,甚至仪器不同都会导致出现不同的结果。这样的话我们该怎么办呢。

这时候“最优化(修正)”功能就十分重要。KnowItAll软件有以下的修正功能:能够核对搜索结果,确保检索结果不会随着外部条件而改变。

  • Baseline correction
  • ATR correction
  • X-axis shift
  • Y-axis shift
  • Vertical clipping
  • Intensity distortion
  • Raman intensity distortion

例如,如果不对下面的图谱数据做修正就进行检索的话,匹配率只有79.3%。显示出了50多个类似结构的化合物。通过修正,可以将匹配率提高到98.3%。只显示出了一个完美匹配的化合物。

擅长检索混合物的图谱

当然,样品有时并不是绝对的纯净物。很多用户可能需要分析含有多种混合物的样品的光谱。

在这方面发挥巨大作用的就是ID专家。它能够一次性完成图谱检索,含有2~5种不同成分的混合物的检索,信号峰检索,官能团分析等多种工作。会显示综合性的搜索结果。

检索速度很快

最后最重要的一点就是“检索速度”。无论是信息量多大的数据哭,如果检索速度很慢,也会让人不怎么想用。

KnowItAll检索速度有多快?如果你去体验一下,你会发现它速度很快

免费试用一下吧

到这里就介绍完了,相信一定有对KnowItAll感兴趣的人吧,俗话说百闻不如一见,不亲身试一下怎么知道呢。

我是Mac用户,这个软件只有Windows用户才能用,所以我用WindowsPC使用这个软件,还费了不少时间。因为在我的领域我很少用IR和Raman光谱,所以我不能确定KnowItAll的准确度,但可以确定的是使用起来还是很方便的。

KnowItAll试用版

*从申请日开始可以使用2周。

*仅限Windows用户。

*使用时需要联网。

最后重要的就是价格啦。产品如果是做学术用途的话还是有优惠的,如果能当面洽谈还能得到进一步优惠。

顺便一提,面向教育机关的产品“KnowItAll U”据说会向企业征收仅可在一台计算机上使用的强制许可费用,而面向教育机构则不限制可以安装授权的计算机数量。

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