化学工具锦囊

Chemdraw中24元环的快速画法

大环化合物近年来成为了药物化学研究的热点,其中环肽类结构是重要的组成部分。在绘制该类结构时,Chemdraw自身提供了相应的模板(如图1),可以绘制从6元环到20元环的结构。

图1 Chemdraw中提供的模板

 

但是当遇到大于20元环时就没有现成的模板可以使用,需要用户自己绘制了。比如在文献中遇到如图2中的这个环八肽结构的24元环,应该如何下手?

图2 文献中出现的24元环八肽结构

 

在此小编根据自己实践经验提供一种快速绘制24元环的方法。之所以选择24元环做示范,是与Chemdraw本身的一个设定有关。在Chemdraw中默认状态下可以随意旋转选定线段,但是当按住Alt键再对线段进行旋转时,操作将变为以15o为固定单位进行,这为24元环的快速绘制提供了可能(360o/24=15o)。

图3 基础操作得到3线段单元⑹

 

如图3所示,现在水平方向绘制一个单位线段,然后在右侧延长一个单位线段,在绘制过程中在十字星光标时即可拖动新绘制线段绕公共点进行顺时针旋转或者停止后选中最右端顶点在箭头光标下进行旋转,旋转时可以发现该操作是以最小固定角度进行的,即15o,(实操时候读者旋转6次可以发现后绘制线段与原线段垂直,证明旋转固定角度即15o),转过一个最小固定角度后停止得到,继续在旋转后的第二段线段方向延长一个单位长度得到,选中最新线段的顶点然后顺时针旋转最小固定角度得到。至此,我们已经绘制了3个线段了。依次操作可以很快按图4中的操作进行到6个线段的片段

图4基础操作得到6线段单元⑿

 

那是不是要依次绘制完所有24个线段呢?其实没有必要。当我们绘制到片段时,其实已经绘制完四分之一的环结构了,接下来我们就利用Chemdraw提供的复制,旋转与连接功能,将剩余的结构“拼”完即可。

图5进阶操作得到半环单元⒃与完整结构⒆

 

选中,同时按住Shift与Ctrl将此片段往下拖动即可出现⒁,选中中新复制得到的四分之一环结构,将其顺时针旋转90o,注意,需要精确旋转,我们按住Alt转6下,即变为。此刻需要利用Chemdraw中的join功能将两个片段首尾连接,如图6,按住Shift键然后选中两个端点,然后点击Object中的Join选项就可以达成连接目标,得到半环结构

图6四分之一环的Join操作

此时,我们已经拥有12个线段了,完成了一半的目标。再接再厉,重复中的操作,复制半环结构得到,旋转180o后得到,再如图7进行join操作,此时读者可能发现在Chemdraw中存在一定误差,最后会有一小段没能连上,不要紧,将此段擦去,自己连接最后两个端点即可,得到,至此一个完整的24元环顺利画出。根据小编的实践,熟练操作的话,在半分钟内完全能够快速画出这个骨架,然后再添加细节就可以很快得到图2中的结构。

图7半环的Join操作

 

相信读者自己操作一番的话,对于Chemdraw的很多功能会有更加深刻的理解,也能解决更多问题。

 

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